1997 – Fundação do Instituto AUÁ em São Roque com o nome de Associação Holística de Participação Comunitária Ecológica (AHPCE), como fruto do movimento popular de criação da Reserva da Biosfera do Cinturão Verde de São Paulo (RBCV) e para gestão do projeto financiado pela UNESCO para implantação do Programa de Jovens – Meio Ambiente e Integração Social (PJ-MAIS), voltado à Educação Integral e inserção de jovens do Cinturão Verde no Ecomercado.
1997 a 2005 – Desenvolvimento das ações do PJ-MAIS com formação de 22 Núcleos de Educação Ecoprofissional em 15 municípios, em parceria com diferentes prefeituras municipais e empresas, atendendo mais de 2 mil jovens. Também inicia as ações de Avaliação dos Serviços Ecossistêmicos no âmbito da RBCV em parceria com o Instituto Florestal de São Paulo.
2005 a 2008 – Diversificação dos projetos de base comunitária e ações de formação integral do ser humano e ecomercado, com educação ambiental nas Bacias da Billings e Guarapiranga, economia solidária e incubação de empreendimentos em Itapecerica da Serra, projeto Ypês em São Roque para o protagonismo juvenil, neutralização de carbono no Parque da Várzea em Embu-Guaçu, entre outros.
2008 a 2013 – Além de ações de Restauração Florestal, Rotas Turísticas, Pesquisas Científicas e outras atividades ligadas ao PJ-MAIS e à Avaliação de Serviços Ecossistêmicos no âmbito da RBCV-SP, foi realizado por 6 anos, em parceria com a prefeitura de Osasco, o projeto Escolinha do Futuro, atendendo semanalmente em média 15 mil crianças do Ensino Fundamental 1 no turno complementar, com equipe de mais de 200 profissionais, bem como 3 edições do projeto Recreio nas Férias, atendendo mais de 18 mil crianças da rede pública municipal de educação em 2 semanas com equipe de 800 pessoas.
Em 2007, é implantada a incubadora de empreendimentos socioambientais para formação de um arranjo produtivo local da reciclagem no Distrito Jardim Ângela, em parceria com a ONG Sociedade Santos Mártires, prefeitura de São Paulo, Instituto Camargo Corrêa e Rede América – GIFE.
Em 2009, nasce a Rota Gastronômica do Cambuci, reunindo festivais municipais de promoção do fruto nativo, realizados pelas prefeituras no entorno da Serra do Mar de São Paulo e a AHPCE é convidada a assumir a coordenação.
2014 a 2017 – A AHPCE muda seu nome para Instituto Auá de Empreendedorismo Socioambiental, reformulando também missão, visão, valores, causas, e inaugura seus empreendimentos institucionais.
Em 2014, nasce o Empório Mata Atlântica, para comercialização de frutos nativos, tem início o empreendimento Banca Orgânica, de apoio à agricultura orgânica familiar e distribuição de cestas aos Grupos de Consumo Responsável, e o novo empreendimento Aldeia Educadora inicia sua atuação com planejamento intersetorial em Araçoiaba da Serra (SP).
Em 2015, a Rota do Cambuci realiza o primeiro Seminário Agroecológico da Cultura do Cambuci reunindo dezenas de pesquisadores com resultados de pesquisas com o fruto nativo, e em Osasco a Aldeia Educadora realiza o projeto Linha de Costura da Rede de Proteção dos Direitos da Criança e do Adolescente.
Em 2016, ocorre a abertura do Box Mata Atlântica e Amazônia, no Mercado de Pinheiros, em parceria com Instituto ATA, as formações do Programa Jovem Sustentável Aprendiz, da Fundação Alphaville, em Senador Canedo (GO), e os projetos de Agricultura Urbana e Panificação e Confeitaria Artesanal, em parceria com a SDTI – Secretaria de Desenvolvimento, Trabalho e Inclusão de Osasco. Nasce o Sabor Nativo com serviço de buffet à base de nativas e oficinas gastronômicas.
Em 2017, é aberto o Armazém Biomas do Instituto para comercialização e logística de produtos da biodiversidade brasileira, e o Empório Mata Atlântica inaugura sua linha própria de produtos nativos. Tem início o projeto Pomares Mata Atlântica do Fehidro no Alto Tietê.
2015 – Introdução do Cambuci na merenda escolar de Itapecerica da Serra